इंडिया ब्लॉक के नेता संजय निरूपम ने उपराष्ट्रपति चुनाव में क्रॉस वोटिंग के आरोप लगाए हैं। उन्होंने कहा है कि कुछ विपक्षी सांसदों ने विपक्ष के उम्मीदवार बी. सुदर्शन रेड्डी को नहीं बल्कि एनडीए उम्मीदवार सी. पी. राधाकृष्णन को वोट दिया है। मतगणना में एनडीए उम्मीदवार को 452 मत मिले, जबकि रेड्डी को 300 मत हुए। इंडियाब्लॉक को उम्मीद थी कि उन्हें अधिक समर्थन मिलेगा, लेकिन वोटों के अंतर और कुछ मतों की असमर्थ/अमान्य घोषित होने की स्थिति ने विपक्ष में असंतोष बढ़ा दिया है। विपक्ष के अनुसार, कुछ सांसदों ने पार्टी लाइन तोड़ते हुए अपने विवेक से वोट किया है। वहीं एनडीए पक्ष ने इसे विपक्ष की एकता में कमी और विपक्षियों द्वारा मतों की खरीद का प्रयास बताया है। इस घटना ने राजनीतिक दलों के बीच मतभेदों को उजागर कर दिया है और संविधान द्वारा गुप्त मतपत्र की गोपनीय प्रक्रिया पर भी सवाल उठे हैं। सामान्य मत यह है कि यह चुनाव प्रक्रिया विपक्ष के लिए एक बड़ी चुनौति बन सकती है।